根據(jù)《建工司法解釋一》的規(guī)定，工程結(jié)算按照雙方約定的結(jié)算文件或施工合同確定，但是在建工案件中，因結(jié)算而產(chǎn)生的糾紛比比皆是。對此，在司法實踐中，法院是如何認(rèn)定與處理的，我們可以從法律規(guī)定以及相關(guān)的司法判例中窺見其一。法律充分認(rèn)可雙方當(dāng)事人在意思自治的基礎(chǔ)上訂立的合同，但當(dāng)雙方就工程結(jié)算后確認(rèn)的工程款存在糾紛時，法院除了考慮合同約定外，實際發(fā)生的工程量也是重要的考慮因素。

如果雙方約定了固定價結(jié)算條款，表明雙方對建設(shè)施工的風(fēng)險是有認(rèn)識的，也已經(jīng)考慮到合同履行過程中可能引起價格變動的種種因素。但若一方在沒有證據(jù)和事實推翻合同約定時，一方當(dāng)事人拋開合同約定的包干總價，提出對工程造價進行鑒定的申請，法院一般不予支持。即使當(dāng)事人在履行合同過程中，實際增加了施工面積，但雙方未對增建的施工面積如何取費進行約定，對新增加工程價款又達不成一致意見的，如果新增加工程與原工程性質(zhì)基本相同（主要指建筑材料、設(shè)計相同），法院仍然可遵循當(dāng)事人合同約定的真實意思表示，按照合同約定的結(jié)算標(biāo)準(zhǔn)計算增加的工程量價款。

一般而言，雙方當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)按照合同約定結(jié)算工程價款，合同約定的結(jié)算方式是成本加酬金方式，或者可調(diào)價結(jié)算的，應(yīng)當(dāng)按照合同約定的計價方法和計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算。一方就工程量或者工程價款變更達成的洽商記錄，像簽證、會談紀(jì)要、工作聯(lián)系單等意思表示明確的，應(yīng)當(dāng)認(rèn)定其性質(zhì)為合同變更的情形，不違反法律強制性規(guī)定的，應(yīng)當(dāng)認(rèn)定洽商記錄有效。由此可見，司法實踐充分遵從“從約原則”。因而，也才有《民法典》第793條的規(guī)定，即便是合同無效，但只要工程驗收合格的，仍可以參照合同關(guān)于工程價款的約定。

此外，關(guān)于設(shè)計變更導(dǎo)致建設(shè)工程的工程量或者質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生變化，當(dāng)事人對該部分工程價款不能協(xié)商一致的，可以參照簽訂建設(shè)工程施工合同時當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計價方法或者計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款。“可以參照”是一個倡導(dǎo)性條款，即一般按照當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計價方法或者計價標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款。按照這一標(biāo)準(zhǔn)結(jié)算工程價款，相對而言，符合當(dāng)事人簽約時的客觀實際情況，符合隨行就市的商業(yè)交易慣例，一般講也有利于平衡雙方當(dāng)事人利益。總之，因設(shè)計變更導(dǎo)致建設(shè)工程的工程量或者質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生變化時，無法按照原合同約定結(jié)算工程價款，原合同喪失了應(yīng)當(dāng)適用的基礎(chǔ)，失去了結(jié)算工程價款的標(biāo)準(zhǔn)，這種情況下，法院應(yīng)當(dāng)鼓勵當(dāng)事人自行協(xié)商達成協(xié)議，重新確立結(jié)算標(biāo)準(zhǔn);協(xié)商不成的，參照當(dāng)?shù)亟ㄔO(shè)行政主管部門發(fā)布的計價方法或者計價標(biāo)準(zhǔn)(即建筑定額)結(jié)算工程價款。司法實踐中，通常通過申請司法審價確認(rèn)工程量作為裁判參考依據(jù)。

司法審價，是指法院委托有資質(zhì)的第三方機構(gòu)對工程造價進行鑒定的活動。一般而言，在雙方當(dāng)事人意思表示真實的情況下訂立的施工合同，一方當(dāng)事人無正當(dāng)理由申請法院對于工程量事實進行鑒定的，法院不應(yīng)準(zhǔn)許。若合同對工程價款沒有約定或約定不明，此類合同如無違反法律、行政法規(guī)禁止性規(guī)定情形的，仍應(yīng)確認(rèn)合同有效。在此基礎(chǔ)上，應(yīng)依據(jù)《民法典》第510條、第511條之規(guī)定的精神，由雙方當(dāng)事人在訴訟中協(xié)商補充工程造價及決算的約定；協(xié)商不成又無法采取其他結(jié)算方式結(jié)算工程款時，可依當(dāng)事人申請委托工程造價審計部門對工程款的數(shù)額予以鑒定。不過一方當(dāng)事人對結(jié)算結(jié)果有爭議且有相反證據(jù)證明的，也可向法院申請司法審價。若雙方均不申請鑒定的，法院應(yīng)當(dāng)予以釋明，經(jīng)釋明后對鑒定事項負(fù)有舉證責(zé)任的一方仍不申請鑒定的，應(yīng)承擔(dān)舉證不能的不利后果。

對作為定案證據(jù)的鑒定結(jié)論，必須查證屬實才能夠采信，鑒定部門作出鑒定結(jié)論后，法院應(yīng)組織對鑒定結(jié)論進行質(zhì)證，聽取雙方異議和理由。針對當(dāng)事人提出的異議，應(yīng)由鑒定機構(gòu)作出解釋并組織雙方當(dāng)事人及鑒定機構(gòu)進行質(zhì)證。鑒定機構(gòu)應(yīng)當(dāng)接受當(dāng)事人的質(zhì)詢并應(yīng)提出對異議的處理意見。對于明顯證據(jù)不足，違反客觀規(guī)律或與當(dāng)事人提供的證據(jù)明顯不一致的、有缺陷的鑒定結(jié)論，不能作為定案依據(jù)。可根據(jù)案件的具體情況通過重新鑒定、補充鑒定、重新質(zhì)證、補充質(zhì)證等方法解決。如果經(jīng)質(zhì)證后，當(dāng)事人沒有提出足以反駁的相反證據(jù)和理由的，可以認(rèn)定其證明力。