根據《建工司法解釋一》的規定，工程結算按照雙方約定的結算文件或施工合同確定，但是在建工案件中，因結算而產生的糾紛比比皆是。對此，在司法實踐中，法院是如何認定與處理的，我們可以從法律規定以及相關的司法判例中窺見其一。法律充分認可雙方當事人在意思自治的基礎上訂立的合同，但當雙方就工程結算后確認的工程款存在糾紛時，法院除了考慮合同約定外，實際發生的工程量也是重要的考慮因素。

如果雙方約定了固定價結算條款，表明雙方對建設施工的風險是有認識的，也已經考慮到合同履行過程中可能引起價格變動的種種因素。但若一方在沒有證據和事實推翻合同約定時，一方當事人拋開合同約定的包干總價，提出對工程造價進行鑒定的申請，法院一般不予支持。即使當事人在履行合同過程中，實際增加了施工面積，但雙方未對增建的施工面積如何取費進行約定，對新增加工程價款又達不成一致意見的，如果新增加工程與原工程性質基本相同（主要指建筑材料、設計相同），法院仍然可遵循當事人合同約定的真實意思表示，按照合同約定的結算標準計算增加的工程量價款。

一般而言，雙方當事人應當按照合同約定結算工程價款，合同約定的結算方式是成本加酬金方式，或者可調價結算的，應當按照合同約定的計價方法和計價標準結算。一方就工程量或者工程價款變更達成的洽商記錄，像簽證、會談紀要、工作聯系單等意思表示明確的，應當認定其性質為合同變更的情形，不違反法律強制性規定的，應當認定洽商記錄有效。由此可見，司法實踐充分遵從“從約原則”。因而，也才有《民法典》第793條的規定，即便是合同無效，但只要工程驗收合格的，仍可以參照合同關于工程價款的約定。

此外，關于設計變更導致建設工程的工程量或者質量標準發生變化，當事人對該部分工程價款不能協商一致的，可以參照簽訂建設工程施工合同時當地建設行政主管部門發布的計價方法或者計價標準結算工程價款。“可以參照”是一個倡導性條款，即一般按照當地建設行政主管部門發布的計價方法或者計價標準結算工程價款。按照這一標準結算工程價款，相對而言，符合當事人簽約時的客觀實際情況，符合隨行就市的商業交易慣例，一般講也有利于平衡雙方當事人利益。總之，因設計變更導致建設工程的工程量或者質量標準發生變化時，無法按照原合同約定結算工程價款，原合同喪失了應當適用的基礎，失去了結算工程價款的標準，這種情況下，法院應當鼓勵當事人自行協商達成協議，重新確立結算標準;協商不成的，參照當地建設行政主管部門發布的計價方法或者計價標準(即建筑定額)結算工程價款。司法實踐中，通常通過申請司法審價確認工程量作為裁判參考依據。

司法審價，是指法院委托有資質的第三方機構對工程造價進行鑒定的活動。一般而言，在雙方當事人意思表示真實的情況下訂立的施工合同，一方當事人無正當理由申請法院對于工程量事實進行鑒定的，法院不應準許。若合同對工程價款沒有約定或約定不明，此類合同如無違反法律、行政法規禁止性規定情形的，仍應確認合同有效。在此基礎上，應依據《民法典》第510條、第511條之規定的精神，由雙方當事人在訴訟中協商補充工程造價及決算的約定；協商不成又無法采取其他結算方式結算工程款時，可依當事人申請委托工程造價審計部門對工程款的數額予以鑒定。不過一方當事人對結算結果有爭議且有相反證據證明的，也可向法院申請司法審價。若雙方均不申請鑒定的，法院應當予以釋明，經釋明后對鑒定事項負有舉證責任的一方仍不申請鑒定的，應承擔舉證不能的不利后果。

對作為定案證據的鑒定結論，必須查證屬實才能夠采信，鑒定部門作出鑒定結論后，法院應組織對鑒定結論進行質證，聽取雙方異議和理由。針對當事人提出的異議，應由鑒定機構作出解釋并組織雙方當事人及鑒定機構進行質證。鑒定機構應當接受當事人的質詢并應提出對異議的處理意見。對于明顯證據不足，違反客觀規律或與當事人提供的證據明顯不一致的、有缺陷的鑒定結論，不能作為定案依據。可根據案件的具體情況通過重新鑒定、補充鑒定、重新質證、補充質證等方法解決。如果經質證后，當事人沒有提出足以反駁的相反證據和理由的，可以認定其證明力。